Pirmoji rašytinė Pastarųjų Dienų Šventųjų Jėzaus Kristaus Bažnyčios istorija Lietuvoje pasakoja apie nedidelį skyrių, įkurtą 1909 metais Klaipėdoje, 1907 m. atvykus ir įsikūrus misionieriams iš Tilžės miesto (dabar miestas vadinamas Neman, Kaliningrado sritis). Pirmieji nariai Klaipėdoje buvo pakrikštyti 1909 metais.
Luiseno gimnazijoje 1930 m. vyko bažnyčios susirinkimai
Skyriaus nariai reguliariai rinkdavosi iki maždaug 1934 metų, kol vokiškai kalbantys misionieriai tuometinės valdžios buvo paprašyti palikti šalį.
Klaipėda tais laikais
Mūsų dienomis Bažnyčios misionieriai dar kartą atvyko į Lietuvą 1992m. spalį. Pirmasis Pastarųjų dienų šventųjų Jėzaus Kristaus bažnyčios narys buvo pakrikštytas tais pačiais 1992 metais. Pirmasis Bažnyčios skyrius Vilniuje buvo įkurtas 1993m., vėliau atsirado bendruomenės Kaune, Klaipėdoje ir Šiauliuose.
Lietuvoje Bažnyčia oficialiai buvo įteisinta 1995 metais.
Bažnyčią Lietuvoje bei visame pasaulyje organizuoja ir jos veiklą vykdo nesamdoma kunigija. Vadovai ir kitas pareigas bažnyčioje einantys nariai tarnauja be atlygio. Nuo 1992 metų nemažai Bažnyčios narių lietuvių trumpalaikiams 1,5-2 metų terminams buvo pašaukti tarnauti kaip Bažnyčios misionieriai. Jie buvo pašaukti vykti į Rusiją, Ukrainą, Lenkiją, Vokietiją, Škotiją, Angliją ir JAV.
Pirmuosius nuosavus susirinkumų namus Bažnyčia įsigijo ir suremontavo Klaipėdoje. Vėliau buvo pastatyti šiuolaikiški susirinkimų namai Vilniuje ir Kaune.
Pastarųjų Dienų Šventųjų Jėzaus Kristaus Bažnyčia yra suteikusi humanitarinę pagalbą 178 šalims, įskaitant ir Lietuvą. Ji siunčia ir skubias būtinų reikmenų ar pinigų siuntas į nukentėjusias nuo bado, žemės drebėjimų, uraganų bei potvynių vietas. Nuo 1993 m. buvo paaukota virš pusantro milijono JAV dolerių vargingam sunkiau besiverčiančių žmonių gyvenimui palengvinti atokiose Lietuvos vietovėse. Pagalba ir tarnavimas kitiems tai neatskiriamas Pastarųjų dienų šventųjų Jėzaus Kristaus bažnyčios narių bruožas.